化学信息学 - 采用Pipeline Pilot定制在线化合物片段计算工具3DFIT

时间:2014-04-03

 

摘要:已知,基于分子片段的药物设计或筛选方法已被证实是一种高效的先导化合物发现方法。本文简单介绍了剑桥大学“3D Fragment Consortium”学术组织的专家是如何通过Pipeline Pilot定制名为3DFIT (3D Fragment Idea Tool)的在线计算工具,并用于分析化合物片段空间、创建3D片段库和实现组织内部信息共享等工作。
 
采用Pipeline Pilot定制在线化合物片段计算工具3DFIT
 
Ref:Drug Discovery Today, Vol. 18, No. 23-24, 12.2013, p. 1221-1227.IF=6.551
链接:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1359644613002456
      为了促进“3D Fragment Consortium”组织内部更好的合作与信息共享,尤其是帮助研究人员及时获取化合物片段的形状和性质等信息,作者所在课题组开发了一款在线计算工具3DFIT。该软件完全基于Pipeline Pilot定制开发,具有高度的信息集成和灵活的数据处理功能。其中3DFIT实时的结果反馈报表的示例如图2所示,其中包括化合物片段与已知三维空间比对的信息、理化性质信息和采用Principal moments of inertia (PMI)作为分子三维空间多样性度量的PMI图表的信息。对于每个化合物片段,3DFIT可以生成多达9种低能构象并且在PMI图表中以不同颜色编码(从蓝色到红色能量依次递增)便于分析比较。化合物关键的物理化学性质也由PP计算得到并以雷达图的形式展示,其中化合物片段各项性质参数的阈值大小也在雷达图中有明显标示。化学家可以根据在线反馈的结果信息决定是否将相应化合物片段更新到已有的3D片段库中,或者为化合物优化提供指导。而对于药物化学理论不太熟悉的工作人员也可以通过3DFIT的分析结果对化合物活性或替换位点有初步认识,有关3DFIT软件更详细的功能信息可以查阅相关文献和网站。
 
图1.3D Fragment Consortium的成员组成
 
图2.3DFIT在线计算工具返回的结果报表