计算化学 - Pipeline Pilot整合SMARTCyp预测化合物的细胞色素P450代谢

时间:2014-04-03

 

Pipeline Pilot整合SMARTCyp预测化合物的细胞色素P450代谢
 
      细胞色素 P450酶家族(CYPs)是药物代谢过程中最重要的一类酶,90%的药物被CYPs代谢。人的CYPs有六十多个亚型,参与着多种代谢反应,如脂肪链羟基化、N-, S-,O去烷基化,芳烃氧化、环氧化、S和N的氧化等等。CYPs也是导致药物相互作用和药物产生代谢毒性的主要原因。
      如果能够准确预测CYPs的可能代谢位点,对于先导化合物的优化将是非常重要的。哥本哈根大学的Lars Olsen等开发了一种算法——SMARTCyp可以帮助科学家预测分子中的哪些原则更容易被CYPs代谢 。我们对该算法进行了整合,使其可以很方便地在Pipeline Pilot里面进行使用。
 
图1上图:SMARTcyp的计算原理;下图:SMARTcyp对9种P450亚型预测的总体准确率
 
图2 Pipeline Pilot整合SmartCyp流程图
 
图3 SMARTcyp计算结果:计算出每个原子的容易反应的打分值,并对打分前三的原子进行标注。
b)当鼠标放在分子上时,还可以显示原子序号,方便查看对应原子的打分。