药物设计 - Pipeline Pilot整合打分函数IDscore并通过DS实现

时间:2014-04-03

 

Pipeline Pilot在Modeling & Simulation领域的应用案例2:
Pipeline Pilot整合打分函数ID-score并通过Discovery Studio调用
 
      在基于结构的药物设计方法中,打分函数(Scoring functions)因其快速、准确的优点,被广泛应用于评价蛋白质和配体的结合能力。然而已有的打分函数仍旧面临着一些挑战,包括预测打分与实验测定的结合能之间较差的相关性,打分的准确性会依赖于靶标类型,以及对配体类似物的低灵敏度等。为了解决上述问题,近期四川大学生物治疗国家重点实验室的Li等人开发了一种全新的经验打分函数ID-score。该打分函数综合考虑了9类影响蛋白质与配体相互作用的描述符,包含2278个蛋白—配体复合物结构作为训练集,并采用支持向量机回归算法(SVR)训练得到了最终的预测模型。基准测试集和大规模的独立测试集的实验结果显示,ID-score的准确性要优于各种常用的打分函数,而且ID-score打分函数对各种生物靶标的预测准确性基本一致,方法评价结果还显示该打分函数对原子类型的高灵敏性,能够很好的预测配体类似物的结合能力。
 
Figure 1.  ID-score打分函数简介
 
      使用业界领先的工作流和信息整合平台——Pipeline Pilot(简称PP),北京创腾科技有限公司生命科学产品技术团队,成功将ID-score程序整合为PP中的一个“组件”,并通过简单的protocol搭建,实现了该打分函数与业界顶尖的分子模拟与分子设计平台Discovery Studio(简称DS)的无缝整合,从而使药物设计领域的用户可以直接在DS中应用这一新的打分函数对蛋白与配体的结合能力进行打分和评价,丰富了DS的打分功能。
 
Figure 2.  Pipeline Pilot整合ID-score的计算流程
 
Figure 3.  Pipeline Pilot整合ID-score打分函数并在Discovery Studio中使用
 
参考文献
Li GB, Yang LL, Wang WJ, Li LL, Yang SY. ID-Score: A New Empirical Scoring Function Based on a Comprehensive Set of Descriptors Related to Protein–Ligand Interactions. J. Chem. Inf. Model. 2013, 53 (3),592–600.  (IF = 4.675)
 
关于Pipeline Pilot:生命、医药、材料、化工等行业的研发信息流程定制和信息整合平台。