药物设计 - 基于CBP模型人糜蛋白酶抑制剂虚拟筛选

时间:2014-04-04

 

药效团模型 - 基于CBP模型人糜蛋白酶抑制剂虚拟筛选
 
背景:DS CBP是基于受体-配体晶体复合物结构产生药效团模型的方法。对于靶标中指定的结合位点来说,关键的相互作用往往是已知的,对于这种情况,DS CBP可以创建一个药效团模型,把潜在的抑制剂引导到靶标的结合位点中。糜蛋白酶是一类水解酶,可以水解蛋白中的肽键,同时,糜蛋白酶的过表达会引起急性心肌缺血等疾病。
 
思路:本文作者采用DS CBP的方法,对6种已知的糜蛋白酶-抑制剂复合物的结构,生成6种药效团模型。然后采用药效团聚类的方法,对6个药效团模型进行聚类,得到了最终的药效团模型。之后对Maybridge和Chembridge进行虚拟筛选,结合分子对接、ADMET的方法,最终得到符合要求的4个先导化合物分子,为糜蛋白酶抑制剂的设计提供了理论基础。
 
 
Ref:Arooj M, Kim S, Sakkiah S, Cao GP, Lee Y, et al.PLoS One. 2013,8(4): e62740.