药物设计 - 分析细胞色素P450 2D6(CYP2D6)抑制剂数据库研究结构倾向

时间:2014-04-04

 

MMP分析化合物活性变化 - 分析细胞色素P450 2D6(CYP2D6)抑制剂数据库研究结构倾向
 
背景:在大型混合的数据库中,通过识别结构倾向,使用MMPs的方法能辅助优化非活性相关的性质。本教程中,利用Analyze Activity Effects using MMPs...工具,通过识别所有可能的MMPs和对相同的转换进行聚类,来识别数据库中的结构倾向。转换的频率表明了结构转换引起性质改变的可能性,极值可能表明避开常规倾向的潜在途径。
 
思路:研究各种配体的细胞色素P450 2D6(CYP2D6)抑制剂数据库用来研究结构倾向,CYP2D6配体可以在ChEMBL数据库下载(http://www.ebi.ac.uk/chembidb/ ),并且含有生物活性数据。采用MMPs(Analyze Activity Effects Using MMPs)分析活性变化,指导分子设计,辅助先导化合物优化过程。CYP2D6是含血红素酶家族中的一员,在药物代谢中起着重要的作用,了解CYP2D6代谢可以提高药物的活性,避免或最小化抑制代谢。
 
图1.Most Frequent列表含有15个出现频率最高的MMP转换。
 
图2. 15个频率最高的转换,这些转化导致的活性变化在两个数量级以上。
 
图3. 15个转换频率最大的导致活性改变小于两个数量级。