Morphit应用于药效试验中EC50数据的统计分析案例

时间:2014-04-08

 

      此案例应用了Morphit中自带的Fitting 4 插件对药效数据进行非线性回归计算出EC50值 (Excel中要自行安装插件),并为数据添加可视化曲线,曲线可以显示被剔出的不理想的数据(Knockout curve),可以显示response为50%时所对应的药物浓度(intersect curve)等科学研究者关注的参数,相对于excel,Morphit中绘图功能全面,绘出的图形美观。应用了table进行数据的录入,效率高,减少了在excel中不停的paste,copy,merge等操作引起的错误。
案例:药效数据如下:
Compound Log (Con.) Response
Compound 1 1 100
0 95
-1 85
-2 75
-3 50
-4 21
-5 15
-6 12
-7 10
-8 9
-9 8
Compound 2 1 80
0 81
-1 75
-2 61
-3 51
-4 49
-5 1
-6 5
-7 1
-8 2
 
第一步:创建table,录入数据。在table中录入数据,效率高,可以减少错误的发生(excel中建立table需要不停的合并单元格,Morphit中只要点击Header可以轻松实现层级式table的创建。如图1,2:
 
图1
图2
第二步:添加“Curve fit”进行数据的模拟计算:左侧工作栏中选择“Curve fit”(如图3),点击“Fit”(如图4):
 
图3
图4
 
默认的是用“Sigmoidal”函数来进行EC50的计算。如上图所示:分别在x-axis,y-axis进行数据的录入。录入后系统自动进行统计,统计后的参数如图5所示,具体的参数EC50,R square
值见图6。
 
图5
图6
 
第三步:为数据添加拟合曲线。现在已被分析的数据,可以添加可视化的曲线,曲线可以显示被剔出的不理想的数据(Knockout curve),可以显示response为50%时所对应的药物浓度(intersect curve)。打开左侧工具箱,然后单击“Curve”,然后单击table中的“Curve”字段标题。这将显示“图表属性”对话框。如图8所示:分别添加“curve fit”,“knockout”,“intersect”图类型,最终结果图见图8。
 
图7 
图8