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产品名称(英文):Neosuite TCMD

产品名称(中文):中药化学数据库

软件厂家:NeoTrident

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产品简介:

(Traditional Chinese Medicine Database, NeoSuite) 中药新产品开发和现代化研究的综合信息源,采用国际规范的信息表达体系全面定义了中英名称,化学结构,各类数值,生物活性等数据。目前该库收集化合物23,033种(截至2009年),其中8000种成分有药理数据。

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  • 常见问题
(Traditional Chinese Medicine Database, NeoSuite)
      创腾科技有限公司和中科院过程工程研究所分子设计课题组联合开发的综合性中药化学数据库。TCMD数据库是在中药研究者长期从事药物设计方法研究的背景下,对数据库工具的国内外需求进行分析,经多年努力研制成功的科学数据库产品,是一个支持新药研发和中药现代化研究的新型工具。TCMD数据目前收集了中药化合物23033种,每种中药化合物包含下列11项数据:唯一代码、CAS登录号、中文名称、英文名称、分子式、分子量、二维结构式、植物来源、药理活性(即药理模型实验结果,近8000多种化合物有此数据)、物理化学性质(晶体形态、熔点、沸点、旋光度等,14000多种化合物有此数据)和参考文献。TCMD数据库涉及到的中药药用植物有6735种,使用的参考文献有5507多篇。

产品介绍
     中药化学数据库(Traditional Chinese Medicines Database,TCMdb2009中文版)是中科院过程工程研究所分子设计课题组在长期从事药物设计方法研究的背景下,对数据库工具的国内外需求进行分析,经多年努力研制成功的科学数据库产品,是一个支持新药研发和中药现代化研究的新型工具。

     TCMdb2009中文版是一个多学科交叉的科学数据库,涉及中药现代化研究、中药化学、药物化学、植物化学、化学信息学、中药药理学、分子药理学、药物设计学、天然产物研究与开发、新药创制、新剂型中药研发、新农药及其它农用化学品的研发等诸多研究及开发领域。

      TCMdb2009中文版中包含了23033种化合物,涉及中药药用植物6735种,使用参考文献5507篇。每种化合物下列12项数据:唯一代码、CAS登录号、中文名称、英文名称、别名、分子式、分子量、二维结构式、植物来源、药理活性(即药理模型实验结果,近8000多种化合物有此数据)、物理化学性质(晶体形态、熔点、沸点、旋光度等,14000多种化合物有此数据)和参考文献。

 

产品特点:

 • 8000种成分有药理数据:200种细胞水平抗癌模型;细胞因子网络调节机制抗炎模型;各种抗氧化模型;各种酶抑制剂模型;NO抑制剂模型等等。

 • 信息表达体系完整严格:按国际规范全面定义了中英名称、化学结构、各类数值、生物活性等数据结构、层次及格式,使相关学科信息表达和国际接轨。

 • 保证数据一致性可靠性:采用多种交叉验证方法保证信息准确可靠。化合物立体化学表达完整,并首次实现了药理数据多层次结构规范化。

     无论您是从中药设计新西药,还是研发新剂型新中药,都可以把TCMdb中药数据库作为一种得力的工具,帮助您以最快速度分析并做出决策,解答任何与中药有关的问题:
 

 • 有多少化学成分做过抗癌实验,哪些有活性?哪些没有?IC50值多少?

 • 以心血管药物为研发目标的公司应该关注哪些中药的研发动态?

 • 从中药出发创制抗高血压新药,哪些资源成功希望最大?

 • 黄酮类化合物有多少种药理活性?哪些活性最强?哪些活性谱最广?

 • 中药传统药效有清热、安神、解表、活血等,对应的药理学概念是什么?

应用实例:

• 从植物检索化合物
     给定一种中药药用植物,问该种植物都含有哪些化合物? 严格的说法是:都有哪些化合物被从该种植物中分离并进行了结构确定?,TCMdb2009中文版数据库能方便地完成这个任务。以三七为例,单击菜单栏下方的“Query”按钮,在query模式下激活“植物来源”域,键入“Like “%三七%””时,单击菜单栏“Search”按钮,单击下拉菜单中的“By Form”,系统将扩展地检出各种三七中含有的全部化合物,包括竹节三七等。

类别

方式

检索域

键入

命中数

注解及说明

单项

SBF

植物来源

Like “%人参%”

180

检出各种人参中含有的全部化合物

单项

SBF

植物来源

Like “%三七%”

156

检出各种三七中含有的全部化合物,注意包括竹节三七等

 

• 化合物药理活性数据检索
     在全库的23033种化合物中,7000种化合物有药理活性数据。这是研究QSAR/SAR关系的珍贵信息。用SBF方式,激活“药理活性”域后,键入“Like “%药理关键字%””,之后单击菜单栏“Search”按钮,单击下拉菜单中的“By Form”,就得到下表中的结果。亦可采用QB方式,见下表中中间的三个例子:

类别

方式

检索域

键入

命中数

注解及说明

单项

SBF

药理活性

Like "%金黄色葡萄球菌%"

428

428个化合物有抗金黄色葡萄球菌数据

单项

SBF

药理活性

Like "%细胞毒%"

2519

2519个化合物有体外抗肿瘤数据

单项

QB

药理活性

property12 like "%抗肿瘤%"

638

638个化合物有体内抗肿瘤数据

单项

QB

药理活性

property12 like "%抗高血压%"

219

219个化合物有抗高血压数据

单项

QB

药理活性

property12 like "%抗肿瘤%" or property12 like "%细胞毒%"

2916

2916个化合物有体外或体内抗癌数据

单项

SBF

药理活性

Like “%抗疟%”

250, , ,

250个化合物有抗疟数据

注意: 体外抗癌活性在库中的规范表达方式是“细胞毒”,体内抗癌活性在库中的规范表达方式是“抗肿瘤”。观察化合物生物活性索引中的生物活性规范表达方式对于熟练使用数据库是有好处的。

• 结构检索
     结构及子结构检索是TCMdb2009中文版特有的功能。这一功能的实现对进行QSAR研究,进而研发新药提供了巨大的帮助。这里只举出最简单的例子:将黄酮类化合物的特征分子骨架放入SBF方式下的structure检索域,从库中检出包含黄酮骨架的化合物511个。具体命令见2.2节。用β-D-葡萄糖的分子骨架(含确切的立体化学信息)提问,得到1455个命中化合物。其它例子见下表:

类别

方式

检索域

键入

命中数

注解及说明

单项

SBF

二维结构

1099

黄酮类化合物552个

单项

SBF

二维结构

427

二氢黄酮类化合物163个

单项

SBF

二维结构

566

香豆素类化合物295个

单项

SBF

二维结构

79

洋地黄毒强心甙59个

单项

SBF

二维结构

3715

含β-D-葡萄糖化合物1746个

• 用户评价
     TCMdb中药数据库2009年新版和科学出版社近日发行新书《中药原植物化学成分集》基本相同,但文字/数值/结构复合型数据库具有任何纸质书本不可能具有的强大检索功能,和《中药原植物化学成分集》配合使用,相得益彰,是完美的结合。国内专家对《中药原植物化学成分集》一书的评论摘要如下:

    “该书为中药的现代化研究搭建了一个很好的信息平台,达到了国际上同类工作的先进水平”(医科院药用植物所肖培根院士)

     “该书内容丰富,资料完整,反映了国内外最新研究成果,对于充分利用我国中药资源,促进中药现代化研究,提升我国创新药物研究水平,具有重要的科学价值“(中国药理学会杜冠华理事长)

      “该书为用综合方法系统研究中药首次提供了一套两万种以上中药化学成分的数据集合……在理论层面上对临床实践有重要参考价值”(中医科学院翁维良首席研究员)

      除了该数据库,直接用于受体对接、创建3D药效团的TCMdb-2009-SCB/MCB单/多构象库也同步发行。

数据收集评价和库研制:NiceData北京翔实达特软件研究开发中心
软件开发及数据库发行:NeoTrident创腾科技有限公司

► 问:Neosuite TCMD能否进行结构搜索?

     答:结构及子结构检索是Neosuite TCMD中文版特有的功能。这一功能的实现对进行QSAR研究,进而研发新药提供了巨大的帮助。

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