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  • 如何通过Forcite Plus计算获取准确的径向分布函数图?
    1)首先确认计算时体系大小、力场参数、非键求和方法等是否合理; 2) 需对体系进行较长时间的动力学模拟,使体系充分的平衡后,再进行相关结果分析。 3)结果分析时,选取平衡后的体系轨迹进行相应的分析;轨迹帧数要足够。 4)由于不同的原点间隔和长度(不要超过总长度的一半),都会产生不同量的统计样本,调整不同参数试一下。

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  • 使用Forcite Plus模块计算扩散系数时需要注意哪些地方?求扩散系数时如何验证此扩散符合爱因斯坦扩散?
    1)进行扩散系数计算和获取时,需注意以下内容: a、 首先需对体系进行较长时间的动力学模拟,使体系充分的平衡后,再进行相关结果分析。 b、结果分析时,选取平衡后的体系轨迹进行相应的分析,且轨迹帧数要足够。 c、由于不同的原点间隔和长度,都会产生不同量的统计样本,为了得到准确的扩散系数:以不同的初始结构进行重复多次模拟,计算得到平均MSD。 d、去掉MSD曲线中的非扩散区域(对于一个动力学轨迹,往往初始的,有时甚至是末尾的,并不符合直线关系,取模拟时间中间部分的符合要求的数据完全是可以的)。 2)确认的方法为:做log(MSD)-log(t) 图,并进行线性拟合,验证斜率m是否为1。斜率为1,表示为有效的扩散,即爱因斯坦扩散;当m<1时表示发生的是异常扩散。然后作 MSD-t 图,并进行线性拟合,斜率除以6,即为扩散系数D。

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  • 在Forcite plus模块对轨迹文件进行分析时, Forcite Analysis对话框中的Concentration profile选项做出的图,其纵坐标的单位是什么?Relative concentration 该怎么理解?
    浓度Concentration是指单位体积内的原子数,在Forcite Analysis中进行Concentration profile分析时,体系被划分为多个直方图bins,每个直方图的浓度都被考虑。相对浓度Relative Concentration是指某一方向上直方图的浓度与整个体系浓度的比值,即原子的位置分布情况,是无量纲的。当且仅当所有原子质量相同时等价于密度分布。

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  • 使用Forcite plus模块进行动力学计算时,产生的.trj文件达1.6G,但是打不开。该怎么打开呢?
    可尝试将.trj文件转为.xtd文件再进行打开,操作过程如下: 1)在MS Visualizer界面的计算结果文件中,找到和轨迹文件相关的.xsd文件,将此文件通过File-Export输出为.msi的格式; 2)再将其通过File-Import导入到MS Visualizer操作界面内; 3)与.msi同一文件夹中,通过File-Import引入.trj文件,可将其转换为.xtd形式。

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  • 在Forcite Plus模块中提交Dynamic计算任务时,计算失败且错误提示为:Dynamics calculation - Deviation in total energy (50063.4 kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum (50000 kcal/mol),怎么调整参数避免报错?
    这个问题主要是计算过程中能量偏差过大造成的,可以做以下调整:1) 结构充分优化; 2)调整Time step数值大小;3)修改控温、控压方法;4)降低温度。

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  • 声子计算失败,结果文件PhonDisp.castep给出如下报错信息: *ERROR* in PHONON calculation: Prerequisite GEOMETRY OPTIMISATION has not been performed or is not converged to sufficient accuracy. Maximum force |F|max = 1.015 eV/ Å Parameter GEOM_FORCE_TOL = 0.5000E-0
    1)计算失败主要是因为结构优化精度不足以达到计算的要求;建议提高结构优化的收敛标准,如结构优化more选项中能量的收敛标准调整到10-8eV,SCF中SCF tolerance调整到10-9eV。 2)可尝试提交任务前,通过Files-Save Files提前获取输入文件,然后在输入文件.param 中添加GEOM_FORCE_TOL : 0.07 ev/ang关键词,再以Run Files方式提交计算任务。

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  • CASTEP计算完能带结构后,如何获取费米能级、价带顶和导带底的具体能量值?
    1)费米能级的获取-可在单点能计算后获取的.castep文件中获取Fermi energy;或者计算能带结构后,在计算文件存储路径中的文件夹找到bandstr.band隐藏文件,从中读取Fermi energy具体值,此时的单位为au。 2)价带顶和导带底的获取-可通过计算能带结构后,在bandstr.castep文件(ms8.0以后的版本,查找bandstr.band隐藏文件)中进行查找。首先通过CASTEP-Analysis-Band structure获取能带结构图bandstr.xcd,在图中确定价带顶和导带低所处K点位置,然后在bandstr.castep文件中找到此K点坐标下对应的能量本征值;然后根据体系中所含价电子数目,计算出价电子填充的轨道数目(价电子数目/2),按照此数目找到的数值即是价带顶的能量值,轨道数目+1即是导带底的能量值。

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