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  • 构建基于分子共同特征的药效团模型(HipHop)的原理?
    HipHop通过发现一系列配体小分子所共有的化学特征,并基于这些共同特性结构的比对叠合自动生成药效团模型,用户可以使用共有的特征药效团去搜索化合物数据库来寻找可能的先导分子。基于分子共同特征的药效团模型同样也可以用于探索一系列具有相似活性但结构却不同或者结构柔性较大的分子的构效关系。

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  • 药效团模型如何理解
    并不是代表某个分子或某个具体官能团 代表一组化合物与同一受体一些重要的相互作用 可以认为是大量活性化合物的共同成药特征

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  • Discovery Studio中有几种药效团模型的构建方法呢?
    在DiscoveryStudio中,共有四种药效团模型构建方法,分别是HipHop,Hypogen,SBP,CBP。

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  • 如何计算药物代谢产物的药代参数如Vz和CL,因为代谢产物给药剂量未知
    在代谢产物的药代研究中,可以选择Phoenix WinNonlin自编译模型(Phoenix model) 进行参数的计算,在自编译模型中设置一条主药代谢为代谢产物的途径,然后由Phoenix Model来计算相关的参数。

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  • 【Discovery Studio】进行蛋白同源建模时,对模板蛋白的同源性要求是多少?
    模板同源性越高得到的模型质量越高,同源性越低则虽然可以构建模型但可靠性却大大降低,因此尽可能找同源性高的模板来进行模建,如果条件不允许那么通常同源性最好也能在30%以上。

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  • 【Discovery Studio】蛋白不对接小分子,能不能查看结合位点有哪些氨基酸,如何操作?
    首先可以通过实验数据或文献信息(关键氨基酸)判断结合位点,如果没有上述信息可以采用DS中Find Sites from Receptor Cavities工具来找寻潜在的活性位点,然后再查看活性位点处残基即可。

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