技术问答      首页技术服务技术问答
  • CASTEP模块计算时勾选metal选项后,结果文件.castep中有Final Free Energy即E-TS,T代表的是298.15 K么?熵S的物理意义是什么和声子计算得到的熵有什么区别?紧接着后面的那个E-0.5TS代表什么,能量数值读取时用E、E-TS还是E-0.5TS?
    1)T所代表的具体温度,与所设置的smearing值有关系,1eV大概是11600K,所以默认0.1eV,对应大概1160K; 2)此处的熵,指的是电子的熵,描述的是电子的分布;声子计算得到的是原子核的振动熵,如果是分子,还包括平动和转动; 3)E-0.5TS代表E和E-TS的平均值,取这个值更合适。

    点击展开

  • 发表文章时,想引用Discovery Studio,参考文献格式如何?
    推荐如下格式:Ref. Dassault Systèmes BIOVIA, Discovery Studio Modeling Environment, Release 2017 R2, San Diego: Dassault Systèmes, 2017.

    点击展开

  • 请问DS在加速抗体药物研发过程中可以帮助解决哪些问题?
    DS可以从分子水平模拟抗体分子的各种生物学行为,以抗体结构为起点,解决抗体的理性设计问题,包括抗体人源化、抗体翻译后修饰位点分析、双特异性抗体模建、抗体序列注释与分析、抗体结构预测、抗体构象表位分析、抗体-抗原结合模式分析、抗体亲和力成熟、抗体稳定性设计、抗体聚集效应分析等问题的解决。

    点击展开

  • 请问最新版Discovery Studio2017 R2都增加了哪些新功能以及功能上的完善?
    新版本的Discovery Studio2017 R2新增了FEP自由能微扰方法,可以精确计算配体-受体的相对结合自由能, 从而在药物设计过程中精确评价比较不同配体分子的活性,进而实现先导化合物的优化。此外,DS2017 R2重点更新了抗体建模功能,不仅可以批量构建全长抗体模型,还可以构建双特异性全长抗体结构模型,而双特异性抗体是目前抗体药物研发的新的技术热点

    点击展开

  • 请问Dsicovery Studio Client 2017 R2支持32位和64位操作系统吗?
    DS2017 R2客户端有32位的版本,也有64位的版本,并可在创腾科技官网进行免费下载,下载地址:http://www.neotrident.com/service/ziyuan.aspx?ID=171

    点击展开

  • 请问目前Discovery Studio最新版本是什么版本?
    目前Discovery Studio最新版本为DS 2017 R2版本,于2016年12月由BIOVIA公司正式向全球发布,DS 2017 R2构建于BIOVIA Pipeline Pilot 2017 R2之上并与其相兼容。

    点击展开

  • DS如何进行scFv不同linker的比较分析?
    首先可通过同源建模的方法将带有linker的scFv结构模建出来,然后通过分子动力学方法对结构进行优化,从而比较分析什么样的linker相对比较合适;DS中可采用CHARMm及NAMD算法来进行分子动力学模拟,并可自动进行动力学结果分析,包括RMSD、RMSF、能量、温度、原子间距离、角度、二面角、相互作用变化分析等。

    点击展开