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  • DS如何预测抗原表位?
    DS中提供两种预测方法,分别是从序列角度和结构角度来进行预测。DS中一方面提供基于抗原序列直接预测其线性抗原表位的功能;另一方面提供ZDOCK/RDOCK蛋白-蛋白对接功能,可预测抗体-抗原复合物结构,从而预测其相互作用模式,并能自动分析抗体-抗原作用界面。

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  • DS中如何进行抗体三维结构的预测?
    DS中有专门的抗体结构预测功能模块,可根据用户不同需求分别构建抗体Fab区、Fv区、CDR区和全长结构以及scFv结构,其构建原理主要采用同源建模的方法,采用的是经典的MODELER算法,一般操作步骤需经历:模板搜索、初始模型构建、CDR区的精细优化、模型评估,并配以图形化界面进行结果分析。此外,针对抗体Fab区及Fv区的构建,DS还提供专门的全自动批量预测抗体结构的功能模块,该功能可基于输入的一系列成对或不成对的抗体轻链和重链序列,自动实现模板搜索、初始模型构建、CDR区的精细优化等步骤,最终快速构建单个或多个抗体Fab区或Fv区的3D模型,该方法非常便捷高效。

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  • DS中可以进行针对抗体/抗原序列做出哪些分析?
    DS可基于抗体序列识别并标注抗体重链及轻链可变区、恒定区、CDR区、Gemline基因;DS可基于蛋白序列预测抗原线性表位;DS可基于Blast搜索同源性序列;DS可对不同抗体序列进行比对分析;DS可基于蛋白序列分析翻译后修饰位点,包括:氧化位点、C-/N-糖基化位点、羟基化位点、脱酰胺基位点、裂解位点、天冬氨酸异构化位点; DS还可基于蛋白序列计算蛋白生物物理学性质,包括:分子量、等电点、净电荷、摩尔消光系数、包涵体表达几率等。

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  • DS在抗体设计研究领域有什么帮助?可以做哪些模拟工作?
    DS在抗体相关研究领域同样可以提供一系列从序列、到结构、再到功能的完整解决方案,具体包括:基于一级序列识别抗体重链及轻链可变区、恒定区、CDR区、Gemline基因以及抗原表位,预测抗体糖基化位点;基于抗体的一级序列预测并优化抗体结构;抗体人源化改造;从分子水平预测抗体-半抗原/抗原相互作用,识别结合部位;进行抗体分子的设计与改造,建议可能的突变位点以增强抗体-抗原的亲和力、提高抗体本身稳定性、降低抗体分子的自聚集效应等。

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  • 结构中不同的成键类型和数目如何输出?比如从晶体结构库中引入Bi2Sr2CuO6,其中的各类化学键的统计如何做?
    首先右击结构界面,选择label功能,将object type设为bond,在properties中选择name。接下来创建空的脚本文件,将如下脚本复制到新创建的脚本文件中,修改{"CuO.xsd"};部分中的结构名称为要统计的结构名称,然后运行脚本,则统计出不同化学键类型及数目。 #!perl use strict; use Getopt::Long; use MaterialsScriptqw(:all); my $doc = $Documents{"CuO.xsd"}; my $bonds = $doc->UnitCell->Bonds; foreach my $bond (@$bonds) { print $bond->Name, "\n"; }

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  • 请问在MS中,是否只要A和B原子在成键距离以内,用bond calculation勾选上monitor bonding,AB之间就会有键生成?当无法从文献中查阅到A和B原子的成键距离时,可否通过此方法来探索AB的成键距离?
    MS默认是如果A和B两原子距离在两种元素共价半径之和的0.6-1.15区间内时,calculate bond即可显示为成键。也就是说通过这种方式成的键只是个示意图,只是显示两个原子已经被化学键相连。¬monitor bonding只是在随时做calculate bond计算,不用在一次次的点击calculate bond了。但是他不可作为原子之间是否成键的判据。

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  • 对离子液体进行结构优化,能使用forcite Plus模块中的 Anneal进行退火模拟,得到的最低能量的结构是否就是离子液体的全局最低能量的结构?
    严格来说,没有计算能保证是全局最低。但一般如果退火速度足够慢,分子动力学计算的步数足够多,可以认为是全局最低,是否是全局最低能量点也和力场的选择和退火参数设置有关。 ¬通过能量比较判断能量极小是没有问题的,但是得到能量最低需要保证比较了所有的能量极小点。然而,多原子体系的势能面非常非常复杂,很难保证能够遍历。所以一般做长时间的MD计算,在此很大的样本中比较得到能量最小认为是整个体系的能量最小。当然这是否可靠取决于样本的大小,极限情况是样本就是整个势能面。

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