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  • DS中对抗体结构的改造及优化可以通过哪些方法预测可能的突变位点?
    DS中可通过虚拟氨基酸突变设计同抗原亲和力更高的抗体或稳定性更高的抗体,可以实现抗体亲和力成熟;预测并引入新的二硫键提高抗体的稳定性;预测抗体结构表面易聚集的位点并进行突变优化,从而减少或避免抗体沉聚现象;以及通过分子动力学方法预测突变后结构构象的变化及变化程度来确定可能的突变位点。

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  • DS如何预测抗原表位?
    DS中提供两种预测方法,分别是从序列角度和结构角度来进行预测。DS中一方面提供基于抗原序列直接预测其线性抗原表位的功能;另一方面提供ZDOCK/RDOCK蛋白-蛋白对接功能,可预测抗体-抗原复合物结构,从而预测其相互作用模式,并能自动分析抗体-抗原作用界面。

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  • DS中如何进行抗体三维结构的预测?
    DS中有专门的抗体结构预测功能模块,可根据用户不同需求分别构建抗体Fab区、Fv区、CDR区和全长结构以及scFv结构,其构建原理主要采用同源建模的方法,采用的是经典的MODELER算法,一般操作步骤需经历:模板搜索、初始模型构建、CDR区的精细优化、模型评估,并配以图形化界面进行结果分析。此外,针对抗体Fab区及Fv区的构建,DS还提供专门的全自动批量预测抗体结构的功能模块,该功能可基于输入的一系列成对或不成对的抗体轻链和重链序列,自动实现模板搜索、初始模型构建、CDR区的精细优化等步骤,最终快速构建单个或多个抗体Fab区或Fv区的3D模型,该方法非常便捷高效。

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  • DS中可以进行针对抗体/抗原序列做出哪些分析?
    DS可基于抗体序列识别并标注抗体重链及轻链可变区、恒定区、CDR区、Gemline基因;DS可基于蛋白序列预测抗原线性表位;DS可基于Blast搜索同源性序列;DS可对不同抗体序列进行比对分析;DS可基于蛋白序列分析翻译后修饰位点,包括:氧化位点、C-/N-糖基化位点、羟基化位点、脱酰胺基位点、裂解位点、天冬氨酸异构化位点; DS还可基于蛋白序列计算蛋白生物物理学性质,包括:分子量、等电点、净电荷、摩尔消光系数、包涵体表达几率等。

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  • DS在抗体设计研究领域有什么帮助?可以做哪些模拟工作?
    DS在抗体相关研究领域同样可以提供一系列从序列、到结构、再到功能的完整解决方案,具体包括:基于一级序列识别抗体重链及轻链可变区、恒定区、CDR区、Gemline基因以及抗原表位,预测抗体糖基化位点;基于抗体的一级序列预测并优化抗体结构;抗体人源化改造;从分子水平预测抗体-半抗原/抗原相互作用,识别结合部位;进行抗体分子的设计与改造,建议可能的突变位点以增强抗体-抗原的亲和力、提高抗体本身稳定性、降低抗体分子的自聚集效应等。

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  • 结构中不同的成键类型和数目如何输出?比如从晶体结构库中引入Bi2Sr2CuO6,其中的各类化学键的统计如何做?
    首先右击结构界面,选择label功能,将object type设为bond,在properties中选择name。接下来创建空的脚本文件,将如下脚本复制到新创建的脚本文件中,修改{"CuO.xsd"};部分中的结构名称为要统计的结构名称,然后运行脚本,则统计出不同化学键类型及数目。 #!perl use strict; use Getopt::Long; use MaterialsScriptqw(:all); my $doc = $Documents{"CuO.xsd"}; my $bonds = $doc->UnitCell->Bonds; foreach my $bond (@$bonds) { print $bond->Name, "\n"; }

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  • 请问在MS中,是否只要A和B原子在成键距离以内,用bond calculation勾选上monitor bonding,AB之间就会有键生成?当无法从文献中查阅到A和B原子的成键距离时,可否通过此方法来探索AB的成键距离?
    MS默认是如果A和B两原子距离在两种元素共价半径之和的0.6-1.15区间内时,calculate bond即可显示为成键。也就是说通过这种方式成的键只是个示意图,只是显示两个原子已经被化学键相连。¬monitor bonding只是在随时做calculate bond计算,不用在一次次的点击calculate bond了。但是他不可作为原子之间是否成键的判据。

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