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  • DS中如何进行蛋白三维结构的预测?
    DS中蛋白结构的预测主要采用同源建模的方法,采用经典的MODELER算法,可基于单模板构建也可基于多模板进行构建,可以构建单聚体结构,也可以构建多聚体结构,具体步骤:模板搜索、序列比对、模型构建、模型评估、模型优化,并配以图形化界面进行结果分析,其中模型评估可采用拉氏图、Profile-3D等多种方法,模型的优化可采用局部优化以及全局优化:分子力学、分子动力学;对于一些小的多肽,也可采用从头构建的方法进行结构的预测。

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  • DS中可以进行哪些蛋白序列的分析?
    DS可以对不同序列进行比对分析,包括BLAST方法、进化树分析方法;DS可基于蛋白序列分析翻译后修饰位点,包括:氧化位点、C-/N-糖基化位点、羟基化位点、脱酰胺基位点、裂解位点、天冬氨酸异构化位点;DS可基于蛋白序列预测抗原线性表位;DS还可基于蛋白序列计算蛋白生物物理学性质,包括:分子量、等电点、净电荷、摩尔消光系数、包涵体表达几率等。

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  • DS在酶结构功能研究领域有什么帮助?可以做哪些模拟工作?
    DS在酶相关研究领域可以提供一系列从序列、到结构、再到功能的完整解决方案,一方面借助DS可开展酶的理性设计工作,另一方面可借助DS对有关酶的一些实验现象作出解释,如对酶-底物作用机理、酶的突变效应等;具体包括以下工作:基于酶的一级序列预测翻译后修饰位点;基于酶的一级序列预测酶的三维结构,并从分子水平分析酶结构;从分子水平预测并解释酶-底物的作用机制和作用模式;进行酶的改造及优化,建议可能的突变位点以提高酶的稳定性、同底物的亲和力;分析酶突变后构象的变化等。

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  • MS中是否可以建立纳米锥结构?
    可以的,利用MS中Build nano structure/nano cluster¬ 可以搭建纳米锥

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  • 请问MS哪些模块可以做高分子的热解?
    dmol3模块包含dynamic即动力学计算功能,可以做高温下材料的分解。但是由于是量子力学方法,它能计算的体系包含的原子数大小有限,通常几百个已经是极限。您看是否能对高分子做以简化。高分子在温度条件下的结构转变可以使用动力学来模拟,但是不能模拟热分解,即断键过程。GULP中的反应力场可以模拟特定体系的热解。同时像DFTB+模块可以做上千原子的热解。您可根据以上提到的模块和特点选择适合您研究体系模型大小的方法

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  • MS能模拟液体环境么?
    液体环境可以分为两类:1. 真实液体环境,可用AC模块建立溶液的模型,一般原子数比较多,常用Forcite模块做后面的计算。2. 隐性模型,DMol中的COSMO溶剂化利用介电场来模拟溶液的作用,需要知道溶剂的介电常数。

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  • dmol3适合研究材料光催方面的性质吗?
    可以做诸如电子结构的研究,结构的改性导致的带隙调节,改善材料的光吸收的波段。等等。相关的文献可通过如下链接查找:http://references.accelrys.com/。另外,¬光催化方面,CASTEP 更适合。光催化和电子结构密切相关,但是,DMol3 里面带隙出现问题,没有LDA+U,杂化泛函等方法校正!

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