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  • Discovery Studio中可否基于一系列抗体轻链和重链序列批量构建多个抗体Fab区或Fv区的3D模型?
    Discovery Studio4.5新增Antibody Modeling Cascade模块,即可实现该功能,只需输入一组抗体序列,程序即可自动实现模板搜寻、初始模型构建、CDR区重构建等步骤并最终快速构建出单个或多个抗体Fab区或Fv区的三维结构。

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  • 发表文章时如何引用Discovery Studio?
    推荐如下格式:Ref. Dassault Systèmes BIOVIA, Discovery Studio Modeling Environment, Release 4.5, San Diego: Dassault Systèmes, 2015.

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  • Discovery Studio Client 4.5支持64 bit操作系统吗?支持32 bit操作系统?
    DS4.5客户端有32位的版本,也有64位版本。

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  • 近期发布的最新版Discovery Studio4.5都有哪些新功能?
    DS4.5新功能可观看土豆网DS4.5新功能介绍webex视频: http://www.tudou.com/programs/view/O33cm7x1pR0 或网页:http://accelrys.com/products/discovery-studio/

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  • 请问Discovery Studio 4.5对操作系统和硬件的要求?
    DS4.5对操作系统的要求具体可参看链接: http://accelrys.com/products/discovery-studio/requirements/technical-requirements-450.html。

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  • 如果已有小分子和蛋白的结合模式,也有同一小分子和药效团的匹配模式,想要将该药效团匹配到蛋白中,采用DS可否实现?该如何实现?
    采用DS可实现该目的,具体实现方法如下: a.首先确保小分子-蛋白结合模式中小分子是蛋白的一条链而不是一个单独的molecule,然后将蛋白-小分子复合物与药效团-小分子放置于同一个窗口下; b.采用tether的方式将蛋白中小分子匹配于同药效团匹配的小分子上,具体操作方式即选中相应的原子对,每选中一对,点击工具面板中Small molecules/Align small molecules/Add tether ; c.可以多选几对,然后点击Small molecules/Align small molecules/Superimpose by tether即可实现蛋白跟随小分子一起比对到药效团构象处。

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  • Discovery Studio中3D QSAR pharmacophore generation在产生药效团模型时可添加排除体积,排除体积是基于什么原理添加的?
    DS中HypoGen添加排除体积是基于非活性分子和活性分子的差异来定义排除体积的,只要Maximum Excluded Volumes参数是非零值,程序在产生模型过程中都会考虑排除体积;至于哪些是非活性分子哪些是活性分子,可以通过对训练集分子设置principal值来人为区分; 如果没有人为定义principal值,那么程序默认会自动区分,区分原则就是那些活性值符合下述公式log(A)-log(MA)>3.5 的化合物,即活性值是最低活性值3.5个数量级以上的化合物。

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