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  • 请问Discovery Studio 4.5对操作系统和硬件的要求?
    DS4.5对操作系统的要求具体可参看链接: http://accelrys.com/products/discovery-studio/requirements/technical-requirements-450.html。

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  • 如果已有小分子和蛋白的结合模式,也有同一小分子和药效团的匹配模式,想要将该药效团匹配到蛋白中,采用DS可否实现?该如何实现?
    采用DS可实现该目的,具体实现方法如下: a.首先确保小分子-蛋白结合模式中小分子是蛋白的一条链而不是一个单独的molecule,然后将蛋白-小分子复合物与药效团-小分子放置于同一个窗口下; b.采用tether的方式将蛋白中小分子匹配于同药效团匹配的小分子上,具体操作方式即选中相应的原子对,每选中一对,点击工具面板中Small molecules/Align small molecules/Add tether ; c.可以多选几对,然后点击Small molecules/Align small molecules/Superimpose by tether即可实现蛋白跟随小分子一起比对到药效团构象处。

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  • Discovery Studio中3D QSAR pharmacophore generation在产生药效团模型时可添加排除体积,排除体积是基于什么原理添加的?
    DS中HypoGen添加排除体积是基于非活性分子和活性分子的差异来定义排除体积的,只要Maximum Excluded Volumes参数是非零值,程序在产生模型过程中都会考虑排除体积;至于哪些是非活性分子哪些是活性分子,可以通过对训练集分子设置principal值来人为区分; 如果没有人为定义principal值,那么程序默认会自动区分,区分原则就是那些活性值符合下述公式log(A)-log(MA)>3.5 的化合物,即活性值是最低活性值3.5个数量级以上的化合物。

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  • Discovery Studio中的分子属性可否以表格形式导出?
    DS中直接以表格形式导出数据的话,可以以csv格式导出,如果数据简单的话也可以直接将数据复制粘贴到已经打开的xls文件中。

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  • Discovery Studio中分子指纹有很多类型,该如何选择?
    DS中计算分子指纹时没必要把所有分子指纹参数都选中,可以选择某一种类型即可,DS中分子指纹都是以XXFX_N形式表示,数字N的话即代表迭代次数,一般4或者6即可代表大部分化合物结构,不同字母表示以不同信息来定义分子指纹,具体含义在help文档中也都有说明,一般选择较多类型的是ECFP或者FCFP等;

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  • 请问Discovery Studio 可否计算化合物的fingerprint?
    可通过DS中Calculate molecular property模块来计算获得,在该模块的Molecular properties参数选项选取2D属性中fingerprint下相关分子指纹属性即可。

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  • Discovery Studio中Calculate interaction energy和Calculate binding energy模块在计算受体-配体间能量时有何区别?
    Calculate interaction energy计算的是配体和受体之间的相互作用能,仅考虑两组原子间 的相互作用,计算其间的非键作用能(范德华作用能+静电作用能);Calculate binding energy计算的是配体与受体之间结合自由能,反映受体-配体的结合强弱,与亲和力相关,其最终预测的结合能是根据以下公式计算得到的:Energy (binding) = Energy (Complex) – Energy (Ligand) – Energy (Receptor),因此考虑的因素不仅包含受体-配体间的相互作用,还包含受体和配体本身由于结构构象等因素造成的能量的不同等一些其它因素。不过在计算小分子与部分残基的相互作用,或者以动力学轨迹作为输入文件,来计算每一帧蛋白中两个链之间的相互作用能则只能采用Calculate interaction energy功能。

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