1. 如何从PDB数据库中选择蛋白晶体结构？
答：选择晶体结构的时候可以从以下几个方面加以考虑挑选：
a. 可以参考已发表的同体系模拟的文献中所选的晶体结构，文献年限可以是新一点的；
b. Resolution值低的比较好；
c. 最好选带配体分子的复合物晶体结构，配体分子和对接的分子如果能比较类似则最为理想；
d. 结构是否完整，是否有缺失残基，缺失残基多还是少，最好选比较完整的结构。
2. 分子对接时如何定义活性位点？
答：分子对接确定结合位点的方法有三种。第一种是已知蛋白晶体，但晶体中无活性位点小分子，并且无相关实验和文献记录该蛋白的活性位点信息，这时可以选From Receptor Cavities这种方法，使用程序搜索蛋白的空腔进而对活性位点进行定义，但是这种方法定义的活性位点需要后期实验的验证；第二种是已知蛋白晶体，虽然晶体中无活性位点小分子，但是有相关实验和文献记录该蛋白的活性位点信息，这时可以选择From PDB Site Records这种方法，以关键氨基酸定义活性位点；第三种是下载的蛋白晶体中有配体可以选From Current Selection (先选中晶体中的小分子，再点击From Current Selection)。
3. 对接结果出现0 pose的原因以及如何解决？
答：对接结果出现0 pose时可以参考以下解决方法：
a. 体系是否正确预处理；
b. 定义的Binding Sphere位置是否正确，半径大小是否合适：该值只要保证有足够的空间供配体进行对接即可；
c. 使用高温动力学产生多构象时的步数：即Random Conformation下的Dynamics Steps参数项，增大该参数，可以使配体产生更合理的多构象；
d. 配体对接入蛋白活性位点之后的Orientation参数：即Maximum Bad Orientations和Orientation vdW Energy Threshold两个参数，增大这两个参数（均改为999999），可以获得更多的对接pose。这两个参数的具体含义：Orientation vdW Energy Threshold表示Ligand在活性空腔内进行取向调整时范德华能的阈值，如果范德华能超过该值，那么这种Orientation就不予以保留；Maximum Bad Orientations表示在调整ligand取向时程序允许考察的取向的最大数目。
4. CDOCKER对接中，-CDOCKER_ENERGY值为负值，而-CDOCKER_INTERACTION_ENERGY值为正值，应如何分析对接结果？
答：-CDOCKER_ENERGY和-CDOCKER_INTERACTION_ENERGY理论上计算值应该都是正值，但是计算结果显示-CDOCKER_ENERGY是负值，可能是因为分子内能过高，建议使用“Minimize Ligands”模块对小分子结构进行优化，释放一部分分子内能，然后再进行对接计算，以提高-CDOCKER_ENERGY值。同时也可以观察蛋白结合口袋是否能容纳小分子配体，或采用Protocols里的Flexible Docking加大蛋白对接时的柔性，用以找到合理的蛋白-小分子相互作用模式。另外CDOCKER_ENERGY包含了配体分子内能和其与受体的相互作用能，CDOCKER_INTERACTION_ENERGY只包含相互作用能。如果不需要考虑分子间内能的因素，可以直接将-CDOCKER_INTERACTION_ENERGY做参考数据。
5. 分子对接中的Alkyl、Pi-Alkyl、Carbon Hydrogen Bond、Pi-Sulfur属于哪种类型的非键作用？
答：在Discovery Studio的Help中可参考：Help > Help Topics调取Receptor-Ligand Interactions tools > Theory - Receptor-Ligand Interactions > Non-bond Interactions，有详细的描述可以参考，并且不同类型非键作用，所显示出的颜色也是不同的（如部分相互作用颜色的显示）。
6. 对接后如何把配体和蛋白一起导出作为一个复合物结构，然后进行动力学计算？
答：选中配体，按住鼠标左键，拖到PDB ID上面后，放开左键，即可形成复合物。如先选中Ibuprofen conformation 拖到1EQG上面。
