MaXFlow是创腾科技研发的新一代针对药物设计与研发的科学分子模拟和人工智能平台。平台面向实验科学家、分子模拟与人工智能专家,覆盖创新发现和工艺研发等研究领域。MaXFlow基于浏览器-服务器(Browser-Server)架构,融合分子模拟、AI和新一代工作流技术,旨在帮助生物医药研发机构从传统实验驱动和理论驱动向数据驱动和智能模型驱动创新模式转变,以提高研发效率和降低成本。
MaXFlow在生物大分子药物设计领域扮演着重要角色。它运用AI模型构建、分子设计、性质预测、分子动力学模拟等多种功能,为抗体药物设计、疫苗、ADC药物以及酶的理性设计等领域提供了关键支持。科学家们可以利用MaXFlow进行蛋白质结构预测、同源模建、分子动力学模拟、稳定性预测、蛋白-蛋白对接、抗体-抗原对接、抗体人源化预测以及抗体亲和力成熟等研究。
生物大分子药物设计面临的主要挑战包括:复杂性,生物大分子药物(如蛋白质药物和RNA药物)结构复杂,设计难度高。生物活性与稳定性,维持药物的生物活性及在各阶段保持稳定性困难,需要准确理解和操作复杂的生物系统。生物相容性和安全性,与小分子药物相比,大分子药物可能引发免疫反应或其他不良反应,如何设计出既有药效又有良好生物相容性和安全性的生物大分子药物是一大挑战。数据量大且分析复杂,与小分子药物相比,生物大分子药物的研发过程产生的数据量更大,更复杂,如何有效管理和分析这些数据,以提取有用信息和知识,同样是一个重要的挑战。
MaXFlow以人工智能和分子模拟为核心,应用领域包括且不限于:AI模型构建、蛋白质结构预测、同源模建、分子动力学模拟、稳定性预测、蛋白-蛋白对接、抗体-抗原对接、抗体人源化预测、抗体亲和力成熟等。
基于新一代工作流技术,MaXFlow允许用户自定义科研流程,自动完成多步骤的计算任务,实现计算工作的智能化和整合化。MaXFlow平台将各种算法封装为组件,提供功能丰富的组件库。用户在可视化界面,按需拖拽组件即可构建工作流。
MaXFlow平台支持从结构数据、序列数据、表格数据到工作流的数据共享,实现协同工作和教学实践,还可连接SDH平台进行大数据处理。SDH具有强大的数据处理能力,可以帮助获取、管理和应用海量来源、不同格式和类型的数据信息。
通过浏览器-服务器(B-S)模式,MaXFlow使研究无空间和时间限制。其“APP资源广场”简化了建模和分子模拟流程,帮助实验科学家搭建各类药物化合物、蛋白、核酸等微观结构,建立高通量虚拟化合物库,无障碍预测药物性质。实现计算模拟和人工智能技术与实验、生产完美结合。
允许用户分享成功的工作流为APPs,实现知识固化与分享。
提供如正交设计、DOE-ML、EDBO等多种实验设计工具。
整合机器学习、深度学习等数十种数据分析和挖掘算法。包括线性回归(Linear Regression)、逻辑回归(Logistic Regression)、决策树、随机森林(RF)、K近邻(KNN)、朴素贝叶斯(Naive Bayes)、支持向量机(SVM)、K均值(K-means clustering)等。
支持小分子、肽段、抗体和蛋白质等结构构建,还可通过氨基酸修饰器实现多位点突变,构建突变结构虚拟库。
MaXFlow核心引擎之一,可自动化完成多步骤计算,实现任务的智能整合。
MaXFlow支持GROMACS和LAMMPS分子动力学引擎,并提供了丰富的后处理功能,例如势能分析、RMSD分析、RMSF分析、回旋半径分析、氢键分析、Pi-stacking 分析组件、溶剂可及表面积分析、蛋白质二级结构分析、蛋白质盐桥分析、径向分布函数分析、聚类分析、动态互相关矩阵分析、残基相互作用分析、主成分分析、自由能形貌图绘制、距离分析、热力学性质分析等。MaXFlow还支持使用MM-PB/GBSA方法计算不同蛋白间的结合自由能。
MaXFlow支持常见的Windows和Linux操作系统,本地版服务器端支持RedHat/Centos 7+ (64-bit only)。
不需要安装,使用Chrome等主流浏览器即可登录使用。
MaXFlow具有简单的图形界面,所有高度集成的计算模块都可以通过鼠标点击拖拽的方式来调用。对于没有使用过AI和分子模拟的初学者来说也非常容易上手。我们定期组织不同专题的培训班,可以进行现场上机学习。
MaXFlow集成了多种人工智能技术,包括深度学习和传统机器学习。深度学习包括图神经网络(GNN)、卷积神经网络(CNN)、深度神经网络(DNN)、OpneCV、GraphTransformer等,在分子性质预测、分子生成、分子逆合成、蛋白质相互作用预测等方面具有优异的性能。机器学习不仅支持分类、回归和聚类共36种模型构建,还支持AutoML技术,可以自动选择最优参数和最佳模型。用户可以根据自己的数据和需求,快速搭建、优化和验证针对不同研究尺度的人工智能预测模型,并将其部署为应用“APPs”,便于共享和再利用。
MaXFlow包含多个计算模块,涉及大分子和小分子等多种体系。应用领域不止局限于药物相关研究,还涉及酶工程、免疫学、病毒学、蛋白质工程、食品科学、环境毒理研究等方面。