1. 进行同源建模时能否使用自己挑选和下载的多模板进行建模？如果可以，应如何操作。
答：使用自己挑选的模板可以直接将BLAST这步跳过，可以直接打开自己挑选的多个模板，然后在目标序列窗口任意位置，鼠标右键点击Insert sequence，然后选择from windows，选中模板，点击ok即可。然后再将进行序列比对就可以了，剩余其他步骤都是一样的。
2. 同源建模无法进行Load Structure and Alignment
答：可以通过菜单Edit — Preference更改一下PDB下载链接，把https改为http试试，或者http改为https。
3. 同源建模结束后，拉式图评估结果显示有氨基酸需要优化，应该怎么优化呢？
答：可以先通过结构查看不合理氨基酸是否在关键位置，如果不在可以不用优化，如果在关键位置，则可以根据氨基酸所在位置采用Loop Refinement、Side-Chain Refinement、Minimization或者分子动力学模拟优化也是可以的。
4. 同源模建时出现下述错误，该如何解决？
答：错误显示建模时使用的序列或输入文件中有程序不识别的字符，BIOVIA Discovery Studio不能识别中文以及一些特殊符号，建议删除相关字符后再进行建模。
5. 想建模后的结构中带有辅因子，如葡萄糖氧化酶GOD带有黄素腺嘌呤二核苷酸FAD，若基于一个已知的晶体结构(带有FAD的GOD酶)，如何得到带有FAD的自有序列的蛋白模型呢？
答：建模时选择带有FAD的蛋白模板，建模参数设置Copy From Sequence即可。
