本次讲座主要针对向大家解读与展示BIOVIA Discovery Studio 2021版本新功能简介。
分子动力学模拟
• 新增MSLD Bias Optimization and Production:简化了用于计算组合库分子相对结合自由能工作流程，更好地进行先导化合物的筛选优化；模拟竞争性结合，经过验证，计算效率是传统FEP的20倍。
图1：通过MSLD方法计算组合库中分子的相对结合自由能
• 新增支持GPU(Linux)的基于CHARMm-DOMDEC的自由能微扰方法程序CHARMm Relative FEP Calculations计算相对结合自由能。
• 对一些程序增加了支持GPU计算的功能，提高了计算速度和效率，如：
Dock Proteins (ZDOCK)：比CPU快十几倍。
Dynamics (NAMD) 和 Solvate with Explicit Membrane:比8 CPUs快7倍。
抗体理性设计
• 改善了计算抗体黏度、聚集等计算结果呈现方式，增加电荷表面和聚集打分表面的显示；
图2：增加电荷表面和聚集打分表面图
• 优化Predict Humanizing Mutations protocol（抗体人源化计算）参数，使得导入germline文件更加容易。
药效团
• 改善了药效团数据库和基于配体的药效团方法，加入了基于非键相互作用的药效特征。
图3：基于非间相互作用药效特征
第三方程序的更新
• CHARMm版本更新至c44b2
• MODELER版本更新至v9.24
• Dmol3版本更新至v2021
• 抗体模板库更新至2020年7月
与最新发布的BIOVIA Pipeline Pilot 2021相兼容
注: 本次网络培训属于2021年生命科学模拟技术系列讲座，我们会陆续推出后续的讲座，最新讲座安排请关注我们的网站或联系我们索取相关资料。
