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拥抱Open Science:SDH如何打破“围墙”,让PubChem等开源数据为我所用?
来源:SDH科学数据基因组平台

摘要

当企业内部数据遇上PubChem的亿级宝库,会发生什么?创腾SDH(科学数据基因组平台)通过“数据星链”技术,将开源数据库无缝接入企业研发流,让科学家告别“反复跳转”,实现一站式检索与AI资产化。

在2026年的今天,“数据”已成为继土地、劳动力、资本、技术之后的第五大生产要素。对于生命科学与材料科学的研发而言,Open Science(开放科学)运动带来的红利前所未有。

PubChem收录了超过1.1亿种化合物,ChEMBL汇聚了海量的生物活性数据,PDB存储了数十万个蛋白质晶体结构……这些不仅是公共资源,更是企业研发的“外部大脑”。

然而,现实往往是骨感的:

  • “转椅接口”效率低:科学家要在ELN(内部数据)和PubChem(外部数据)之间反复切换网页,手动复制粘贴结构式和CAS号。

  • 数据孤岛难打通:外部数据格式千奇百怪,难以与内部标准化的实验数据融合。

  • AI训练缺“燃料”:仅靠企业内部积累的“小数据”,难以喂饱贪婪的AI模型,而外部海量数据却因清洗困难而无法利用。

创腾SDH的核心使命之一,就是推倒这堵墙。它不仅仅是企业内部的数据管理平台,更是一个连接全球科学智慧的“超级连接器”。

1. 拒绝“反复横跳”:一站式联邦检索(Federated Search)

SDH科学数据基因组平台

试想这样一个场景:你正在设计一个新的激酶抑制剂。过去,你需要在公司ELN里搜一遍有没有做过类似结构,再去PubChem搜一遍专利情况,再去ChEMBL查活性数据。

SDH环境下,这一切只需一次操作:

  • 统一入口:科学家在SDH的搜索框输入一个结构式(或子结构)。

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  • 双向触达:系统不仅会瞬间检索出企业过去十年积累的相关实验记录(ELN/LIMS 数据),还会同步调用API,实时抓取PubChem、ChEMBL、ZINC等开源数据库中的匹配结果。

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  • 同屏展示:内部的合成收率、库存情况,与外部的文献活性、毒性预测数据在同一界面呈现。

价值:让科学家拥有“上帝视角”,既避免了重复造轮子(内部已失败的实验),又不仅限于坐井观天(利用外部灵感)。

2.从“数据搬运”到“数据融合”:构建企业级知识图谱

SDH科学数据基因组平台

连接只是第一步,融合才是关键。

外部数据库往往存在命名不规范、单位不统一的问题(例如IC50单位有的用nM,有的用uM)。如果直接导入,只会制造“数据垃圾”。

SDH内置的ETL(抽取、转换、加载)引擎科学数据本体库(Ontology),充当了“翻译官”的角色:

自动标准化:将外部杂乱的字段自动映射到企业内部的标准数据模型中。

结构化清洗:自动补全缺失的理化性质,归一化活性单位。

实体关联:建立内部项目代号与外部通用名之间的知识关联。


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通过这种方式,SDH将外部的“信息(Information)”转化为了企业可用的“知识(Knowledge)”。

3.喂饱你的AI:用开源数据“蒸馏”模型精度

SDH科学数据基因组平台

在AI for Science时代,数据量决定了模型的上限。

创腾的MaXFlow分子模拟与AI平台需要大量的数据来训练预测模型(如ADMET预测、逆合成分析)。对于许多初创Biotech或转型中的传统药企,内部数据往往不够用。

SDH提供的Data Fabric(数据编织)架构,能够通过连接器源源不断地从开源社区摄取高质量数据,经过清洗后,形成“AI-Ready”的数据集,直接输送给MaXFlow进行模型训练或微调(Fine-tuning)。

某药企在开发难成药靶点时,利用SDH抓取了PubChem上数万个相关化合物的构效关系数据,结合内部少量的湿实验数据,通过Transfer Learning(迁移学习)训练出了高精度的活性预测模型,将筛选命中率提升了3倍。

4.合规与安全的平衡

SDH科学数据基因组平台

拥抱Open Science并不意味着裸奔。SDH在连接外部网络时,采用了严格的单向加密请求技术:

查询隐私保护:当你向PubChem发起结构检索时,SDH会对查询结构进行脱敏处理或哈希加密,确保你的核心骨架(Scaffold)不会被外部服务器记录。

物理隔离:外部数据抓取至本地/私有云后,所有的后续分析、建模都在企业防火墙内完成,确保IP(知识产权)绝对安全。


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5.结语

SDH科学数据基因组平台

在2026年,“闭门造车”的研发模式已成过去式。谁能以最快的速度、最低的成本获取并利用全球数据,谁就能在药物与材料创新的竞赛中抢得先机。

创腾SDH不仅仅是一个数据库,它是连接企业内外部科学数据的星链(Starlink)。让我们打破围墙,将全球的科学智慧,转化为您企业的创新资产。