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BIOVIA COSMOlogic 2021 产品更新
来源:计算模拟平台


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(一) COSMOtherm
(快速准确预测溶液热力学性质)


1、首次加入专门针对电解质体系的参数集——BP_TZVP_COSMO-RS-ES.ctd COSMO-RS-ELYTE.ctd


  • 新增的这两个参数集,将传统COSMO-RS参数集在研究电解质体系时所忽略的长程相互作用考虑了进去,还考虑了碱金属离子间的特殊短程库伦相互作用。显著地提高了对于强极性的电解质溶液(F-, Li+, Mg2+, Al3+)性质预测精度。


Benefit:BIOVIA COSMOlogic能够快速准确地预测多组分混合溶液体系的性质预测(多组分溶液的溶解度,相平衡相容性等),但在旧版本中缺少针对强极性体系电解质溶液的优化参数,使得其预测结果不够Robust。2021版本中新加入的电解质参数集,使得BIOVIA COSMOlogic在锂离子电池电解质溶液(添加剂)配方工艺设计,离子液体性质预测和筛选等方面有了更广泛的应用前景。



2、新加入固体溶质分子物理性质机器学习预测模型

  •  Melting Point (Tmelt) 熔点

  •  Enthalpy of Fusion (Hfus) 熔融焓

Benefit:COSMO-RS最初为了研究液相分子的溶解度等热力学性质而设计的理论。如果想要通过COSMO-RS理论准确预测固体在液体中的绝对溶解度,就需要输入实验溶解度或实验测得的熔融焓作为以提高预测精度。在缺乏实验数据作为的情况下,熔点和熔融焓的预测精度提高能够显著改善固体溶质(如类药分子)在溶剂中绝对溶解度、相平衡、分配系数等热力学性质的预测结果。2021版本更新的机器学习模型可以使用户获得比之前更准确的结果。



3、COSMO-RS性质计算支持CPU并行

Benefit:之前版本的COSMOtherm单个任务都无法支持并行计算,2021版本的升级将大幅提高单个任务的计算效率。



(二) COSMObase
(包含有13157种化学化工,类药分子,离子液体,香精香料等领域的常用的化合物分子数据库以节省大量计算时间)


  • BP-TZVPD-FINE (最佳精度)BP-TZVP-COSMO精度化合物集更新后包含超过53000个构象异构体分子数据;

  • 能够正确识别立体异构和互变异构体;

  • COSMObase2021 重新设计了数据库索引文件,由原来的SQL Server改为使用SQLite。更加轻量级,搜索化合物更加快速高效;

  • 更新了COSMObase数据库编辑器——COSMObaseEditor,操作更加user-friendly


Benefit:COSMObase数据库保持着一年一更的频率,2021版本在改善用户体验方面下足了功夫,界面更人性化,管理、添加、修改数据库的操作更加方便。


(三)COSMOquick
(针对药物设计领域的热力学性质快速预测集成工具包,满足共晶筛选,药物制剂等领域用户的需要)


  • 新加入2019 SAMPL6 盲测挑战中的LogP精确预测模型(结合COSMO-RS和XGboost机器学习修正);

  • 更新内部参考pKa实验数据库,提高pKa预测精度;

  • 更新CFDB数据库,改善sigma-profile生成质量;

  • 更新熔融自由能预测模型,提高水中固体类药分子的溶解度预测结果。


Benefit:COSMOquick是专门针对药物研发领域的用户而优化的一体化热力学性质解决方案。它基于独家的COSMOfrag算法无需耗时的量化计算,即可获得表征类药分子热力学性质的COSMO-RS描述符——sigma-profile。基于已有的机器学习模型快速获取类药分子和高分子的水-辛醇分配系数,pKa,溶解度,ADME性质等。针对共晶药物的研究,还提供了共晶筛选,溶剂优化以及绘制共晶三元相图的流程化工具。


(四)COSMOconf
(自动搜索溶液热力学性质相关构象异构体)


1、新增DMol3-PBE构象异构体搜索工作流,并支持调用DMol3进行COSMOtherm输入文件计算

  • COSMO文件

  • ENERGY文件


2、可以读取并利用SDF分子结构文件中的连键信息

3、计算得到的结果文件根据COSMOtherm中构象异构体的命名规则自动转化

Benefit:COSMOconf终于支持调用DMol3来计算COSMO文件了,对于BIOVIA Materials Studio的老用户来说获取COSMO文件更方便了。


(五)COSMOplex&perm
(预测表面活性剂,生物膜,皮肤等非均相自组装系统)



1、新功能

  • 加入了准确计算纯化合物表面张力的模型

  • 提高了原有的表面张力预测模型随温度变化的准确度

  • 可预测离子型表面活性剂的临界胶团浓度

  • 新增烷烃扩展功能助力研究不同链长的表面活性剂。

  • 新增对于TZVPD-Fine精度的支持


2、功能改进改进 COSMOplex 界面用户体验

  • 改善了任务列表处理和工具自动提示     

 · 模拟体系的定义更加友好    

 · 可通过工具栏直接可视化 COSMO 表面     

 · 全新的下拉菜单     

 · 参数设置页面增加默认参数


  • 提高了球形和柱形胶束建模的精确性

  • 自组装过程自动考虑静电势作用的影响

  • 自动保存计算过程中未自洽的最佳构型


Benefit:COSMOplex&perm作为BIOVIA COSMOlogic家族中的新成员在2021版本中获得了大幅更新。加入了对于离子型表面活性剂的支持,能够更好地预测中性和带电体系的临界胶团浓度,为石油化工,化妆品,香精香料,日化品以及医药领域的客户带来了比分子动力学快1000倍的新解决方案。


Last but not least,BIOVIA COSMOlogic 2021 今年最大的更新在于将除了COSMOquick以外的所有模块都整合进了BIOVIA Pipeline Pilot 2021中, COSMOlogic中的性质预测能够更好地与其他软件如BIOVIA Materials StudioBIOVIA Discovery Studio进行参数传递和联动,丰富并完善了整个BIOVIA 材料/生命科学模拟计算的跨尺度解决方案。

令人百感交集的2020即将过去,创腾科技也走过了第20个年头。感谢大家对于创腾科技以及我们“创腾Materials Studio公众号”一如既往的支持。在新的一年中,我们会不忘初心,继续为大家提供材料模拟领域的知识干货分享,预祝大家新年快乐!


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